Ihre Eltern kamen aus Persien, doch geboren wurde Nazanin Aghakhani in Wien. Sie begann ihre musikalische Laufbahn im Alter von sieben Jahren. Es folgte von 1992 bis 2000 ein intensives Klavierstudium bei Karl Barth am Konservatorium der Stadt Wien, später privat bei Meira Farkas. Begleitet wurde ihre Ausbildung von Soloabenden, von Auftritten in Funk und Fernsehen und bei Wettbewerben. Bereits in jungen Jahren war Aghakhani vom Orchesterapparat und seinen Klangmöglichkeiten fasziniert. Mit 12 Jahren nahm sie regelmäßig Unterricht in Harmonielehre, Kontrapunkt und Partiturspiel bei dem österreichischen Komponisten und Dirigenten Thomas Christian David. Nach Abschluss der Klavierstudien folgte Nazanin Aghakhani ihrer Leidenschaft fürs Dirigieren. Von 2000 bis 2002 studierte sie an der Wiener Hochschule für Musik und darstellende Kunst bei Erwin Acel, Leopold Hager und Yuji Yuasa, daneben Chordirigat bei Howard Arman. 2002 bis 2006 ging sie an die Königliche Akademie Stockholm zu Jorma Panula und für die Chorerziehung zu Anders Eby. Hier erweiterte sie zudem ihre Kenntnisse auf dem Gebiet moderner Musik, sie studierte elektro-akustische Komposition bei Bill Brunson. In Stockholm setzte sie sich intensiv mit der Opernliteratur des 20. und 21. Jahrhunderts auseinander. Sie bekam bald ein Engagement als Jungdirigentin an der Königlichen Oper Stockholm, wo sie sowohl mit Solisten, Chor und Orchester, aber auch für das Ballett Neukompositionen einstudierte. Gleichzeitig ermöglichte die jahrelange professionelle Zusammenarbeit mit Jugendorchestern in Stockholm Aghakhani, ihre Erfahrung als Dirigentin mit pädagogischer Arbeit zu verbinden. Nach ihrem Abschluss als Bachelor of Arts verbrachte sie die Jahre 2006 bis 2008 in Finnland, wo sie nach Engagements als Dirigentin und Solo-Korrepetitorin ihr Master-Studium im März 2008 an der Sibelius Akademie Helsinki bei Leif Segerstam beendete – ein Mentor, der bis heute für sie von großer Wichtigkeit geblieben ist. Neben Meisterkursen bei den Dirigenten Jukka-Pekka Saraste und Alan Gilbert folgten Konzertauftritte als Dirigentin in Schweden und Finnland mit klassischer Orchesterliteratur, Opernproduktionen und auch zeitgenössischer Musik. Nach der Rückkehr in ihre Geburtsstadt Wien im Mai 2008 wurde sie Dirigierassistentin bei den Salzburger Festspielen in der Mozart-Produktion „Don Giovanni”. Dort traf sie auch Daniel Barenboim, assistierte bei Bruckner und Mahler. Seit 2008 betreute Nazanin Aghakhani im Herbst-Festival „Wien Modern” fünf Uraufführungen. Zudem wurde sie 2009 in die Jury des skandinavischen Jungkomponisten-Wettbewerbs „UNM-Festival” berufen. Im Februar 2009 war Aghakhani als Dirigentin bereits zum dritten Mal beim finnischen Festival für zeitgenössische Musik „Musica Nova” zu Gast – zur gleichen Zeit erhielt sie Dirigate in Zusammenarbeit mit der Abteilung Komposition im Konservatorium Privatuniversität Wien. Ihr sinfonisches Repertoire reicht von der Wiener Klassik bis in die Moderne, wobei ihre besondere Vorliebe der russischen Orchesterliteratur aus der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts gilt. Auch ihr Opernrepertoire erstreckt sich vom späten 18. Jahrhundert bis in die Gegenwart, wobei sie sich durch ihre Zusammenarbeit mit Leif Segerstam auch als Spezialistin für zeitgenössische Oper versteht. Nazanin Aghakhani möchte erklärtermaßen „am Puls der Zeit bleiben” und den Austausch zwischen Komponisten, Regisseuren, Dirigenten, Ausführenden und dem Publikum direkt mitgestalten und miterleben. Nach ihrem Auftritt im Rahmen des Festivals „Musica Nova” im Februar 2008 (Uraufführung „Fatal Lesson” von Ville Raasakka) schrieb die Zeitung „Helsingin Sanomat”: „… nachdem Nazanin Aghakhani zusammen mit ihren Musikern den Saal verlassen hatte, war der Raum immer noch von ihrer enormen mentalen Kraft und musikalischen Elektrizität erfüllt. Ihre präzise Schlagtechnik, kombiniert mit gekonnter Linienführung, lässt keinen Zuhörer unberührt …”. Im Sommer 2010 leitete Nazanin Aghakhani im Iran als erste Frau das Teheran Symphony Orchestra, und von November 2010 bis Dezember 2012 übernahm sie die musikalische Leitung des akademischen Sinfonieorchester München.